Tình hình đã thay đổi, ban lãnh đạo mới của Công ty Đông Ấn không mấy thiện cảm với công cuộc truyền giáo. Mối quan hệ giữa các thương nhân người Anh và giới hữu trách Trung Hoa ngày càng căng thẳng. Mây đen vần vũ và bão tố chực chờ. Quan lại triều đình kiêu ngạo và độc đoán trong khi thương nhân Anh tham lam và quyết tâm đẩy mạnh các thương vụ thuốc phiện trên đất nước này. Chiến tranh bùng nổ, lẽ phải thuộc về Trung Hoa nhưng sức mạnh thuộc về nước Anh. Toàn bộ công cuộc truyền giáo bị tổn hại nặng nề bởi sai lầm này.

Trong thời gian Morrison vắng mặt, trách nhiệm đặt trên vai một giáo viên người Hoa tên Lương Phát (梁發), một trong những tân tín hữu đầu tiên của Morrison. Từng chịu đựng nhiều khó khăn vì đức tin, Lương Phát chứng tỏ mình là người kiên định và đầy nhiệt huyết khi tiếp tục công việc Morrison để lại. Một hội thánh nhỏ đang trên đà phát triển, một số người công khai xưng nhận đức tin và chịu lễ báp têm, nhiều người khác theo Chúa cách thầm lặng. Các nhà truyền giáo người Mỹ được gởi đến trợ giúp Morrison, nhiều ấn phẩm Cơ Đốc được ấn hành; nhờ đó Morrison có nhiều thì giờ để tiếp xúc và giới thiệu phúc âm cho người Hoa. Năm 1832, ông viết:

Quảng Đông bây giờ khác hẳn Quảng Đông mà tôi thấy năm 1807. Các học giả và sinh viên thần học người Hoa, báo chí tiếng Anh và Kinh Thánh tiếng Hoa, người ta công khai thờ phượng Chúa, tất cả đều tiến triển trong thời gian qua. Tôi đã phụng sự thế hệ này, và Chúa biết lúc nào nên đem tôi về.

Tháng 6 năm 1834, Morrison soạn bài giảng cuối cùng của mình tựa đề "Trong nhà Cha ta có nhiều chỗ ở."[4] Đến ngày 1 tháng 8, nhà truyền giáo Kháng Cách đầu tiên đến Trung Hoa từ trần tại nhà riêng ở tuổi 52. Hôm sau, di hài của ông được đưa đến Macau, an táng trong một nghĩa trang Kháng Cách bên cạnh vợ và con trai của ông.